Da necessidade de se acelerar e dinamizar a formação de marítimos nacionais de modo a preencher as lacunas deixadas resultantes do processo de descolonizção, foi criada em 1977 a Escola de Formação Náutica de Moçambique. Em 1982 a então Escola de Formação Náutica recebeu através do Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD) fundos da Noruega (NORAD) para, no âmbito do desenvolvimento institucional, melhorar as suas facilidades de modo a que correspondessem às exigências mínimas da convenção STCW 78 (Standards of Training Certification and Watchkeeping for Seafarers) que o Governo de Moçambique acabava de aderir. A 3 de Junho 1985 a Escola de Formação Náutica de Moçambique passou a designar-se apenas por Escola Náutica de Moçambique, tendo sido inaugurada pelo seu patrono, Marechal Samora Moisés Machel. Em 1991 foram aprovados os programas curriculares dos cursos da Escola Náutica de Moçambique pelo Diploma Ministerial nº 65/91, conferindo aos formados o nível de Bacharelato em Ciências Náuticas nas áreas de Navegação Marítima, Máquinas Marítimas e Radiotécnia.
Em 1995, e apesar da interrupção do financiamento pela NORAD, a Escola Náutica de Moçambique reagiu positivamente às emendas de 1995 ao STCW/78. A instituição foi capaz de rever os seus curricula dentro dos requisitos da IMO e estabeleceu os níveis recomendados nos níveis Operacional e de Gestão para o Oficialato a bordo de navios Em 2004 a Escola Náutica tornou-se numa instituição pública de ensino superior à luz do decreto 28/2004 e passou a designar-se
Escola Superior de Ciências Náuticas (ESCN). Cumulativamente, a ESCN é uma pessoa colectiva de direito público e é dotada, nos termos do Art. 2 da Lei N° 27/2009, de 29 de Setembro de autonomia estatutária, pedagógica, científica, cultural, administrativa, financeira, patrimonial e disciplinar. O poder de tutela sobre a ESCN é exercido pelo ministro dos Transportes e Comunicações da República de Moçambique. A competência relativa à definição das orientações estratégicas da ESCN, bem como o acompanhamento da sua execução, é exercida pelo ministro dos Transportes e Comunicações em articulação com o ministro da Ciência e Tecnologia Ensino Superior e Técnico-Profissional. A ESCN promove a educação, formação e qualificação, aos níveis mais exigentes e de acordo com os padrões internacionais, de oficiais da marinha mercante e de quadros superiores dos sectores dos transportes, telecomunicações e logística, tendo em vista garantir uma elevada empregabilidade.